No Japão do século XVII, o cristianismo é duramente perseguido e seus seguidores são obrigados a esconder sua fé.
Nesse cenário, dois padres jesuítas portugueses viajam clandestinamente ao país em busca de seu antigo mentor, sobre quem circula a notícia de que teria abandonado o cristianismo.
Ao encontrarem comunidades cristãs vivendo secretamente e enfrentando prisões, torturas e mortes, os missionários são confrontados com perguntas cada vez mais difíceis sobre fé, sofrimento, apostasia e o silêncio de Deus.
Silêncio não é apenas um filme sobre perseguição religiosa. É uma história sobre o que acontece com a fé quando permanecer fiel pode custar tudo.

