La palabra del Señor llega a Jonás hijo de Amitai: que se levante, vaya a Nínive, la gran ciudad, y clame contra ella, porque su maldad ha subido delante de Dios. Jonás se levanta, pero para huir de la presencia del Señor. Baja a Jope, encuentra una nave que va a Tarsis, paga el pasaje y se embarca con los marineros, en dirección contraria a Nínive.
El Señor lanza un gran viento sobre el mar y se levanta una tempestad tan fuerte que la nave amenaza con romperse. Los marineros tienen miedo, cada uno clama a su dios y arrojan la carga al mar para aliviar el peso. Mientras tanto Jonás ha bajado al fondo de la nave y duerme profundamente. El capitán lo despierta y le pide que clame a su Dios, por si acaso los recuerda y no perecen.
Los marineros echan suertes para saber por culpa de quién viene el mal, y la suerte cae sobre Jonás. Le preguntan quién es, de dónde viene y a qué pueblo pertenece. Jonás responde que es hebreo y que teme al Señor, Dios del cielo, que hizo el mar y la tierra seca. Los hombres sienten un gran temor, porque él les ha contado que huye de la presencia del Señor. Como el mar se embravece, preguntan qué hacer, y Jonás les dice que lo levanten y lo arrojen al mar, porque sabe que la tormenta es por su causa.
Los hombres intentan remar hacia tierra, pero no pueden. Entonces claman al Señor para que no los haga perecer por la vida de este hombre ni los haga responsables de sangre inocente. Toman a Jonás, lo arrojan al mar y la tempestad se calma. Los hombres temen al Señor, le ofrecen sacrificio y le hacen votos. El Señor había preparado un gran pez para que tragara a Jonás, y Jonás estuvo en el vientre del pez tres días y tres noches.