El primer día de la semana, muy de mañana, aún oscuro, María Magdalena va al sepulcro y ve quitada la piedra. Corre a decirlo a Simón Pedro y al discípulo a quien Jesús amaba: se han llevado al Señor y no saben dónde lo pusieron. Ambos corren; el otro discípulo llega primero, pero Pedro entra primero y ve los lienzos y el sudario doblado aparte. Entonces entra el otro, ve y cree. Vuelven a casa.
María se queda llorando junto al sepulcro. Ve a dos ángeles de blanco que le preguntan por qué llora. Se vuelve y ve a Jesús, pero no lo reconoce y piensa que es el hortelano. Jesús la llama por su nombre, María, y ella lo reconoce y le dice Raboni, que significa maestro. Jesús le dice que no lo retenga y que vaya a decir a sus hermanos que sube a su Padre y Padre de ellos. María anuncia a los discípulos que ha visto al Señor.
Esa tarde los discípulos están reunidos con las puertas cerradas por miedo a los judíos. Jesús se presenta en medio de ellos y les dice paz a ustedes, y les muestra las manos y el costado. Se alegran. Los envía como el Padre lo envió a él. Sopla sobre ellos y les dice que reciban el Espíritu Santo, y que a quienes perdonen los pecados les serán perdonados. Tomás, uno de los doce, no estaba, y dice que no creerá si no ve las marcas de los clavos y no mete la mano en su costado. Ocho días después, Jesús vuelve, invita a Tomás a tocar sus heridas y a no ser incrédulo sino creyente. Tomás exclama: ¡Señor mío y Dios mío! Jesús dice que son bienaventurados los que creen sin haber visto.
Juan termina diciendo que Jesús hizo muchas otras señales que no están escritas en este libro, y que estas se han escrito para que crean que Jesús es el Cristo, el Hijo de Dios, y para que, creyendo, tengan vida en su nombre.