Un fariseo llamado Nicodemo, principal entre los judíos, va de noche a ver a Jesús y le dice que sabe que viene de Dios, porque nadie puede hacer las señales que él hace si Dios no está con él. Jesús responde que quien no nazca de nuevo no puede ver el reino de Dios. Nicodemo pregunta cómo puede nacer un anciano; Jesús aclara que hay que nacer del agua y del Espíritu, y compara la acción del Espíritu con el viento, que se oye pero no se sabe de dónde viene ni adónde va. Nicodemo vuelve a preguntar cómo es posible, y Jesús se extraña de que un maestro de Israel no lo entienda. Dice que habla de lo que sabe y ha visto, que el Hijo del Hombre descendió del cielo, y que así como Moisés levantó la serpiente en el desierto, el Hijo del Hombre debe ser levantado para que todo el que crea en él tenga vida eterna.
Los versículos 16 al 21 explican el propósito. Dios amó tanto al mundo que dio a su Hijo único, para que todo el que cree en él no se pierda sino tenga vida eterna. Dios no lo envió para condenar al mundo sino para salvarlo. Quien cree no es condenado, pero quien no cree ya está condenado, porque la luz vino al mundo y los hombres amaron más las tinieblas. Quien practica la verdad viene a la luz.
Después Jesús va con sus discípulos a la región de Judea y bautiza allí, mientras Juan el Bautista bautiza en Enón, cerca de Salim, porque había mucha agua. Surge una discusión sobre la purificación, y los discípulos de Juan le dicen que todos van ahora a Jesús. Juan responde con humildad: él no es el Cristo sino el amigo del novio que se alegra con su voz, y Jesús debe crecer mientras él disminuye. El capítulo termina con una palabra sobre el Hijo, enviado por el Padre: quien cree en él tiene vida eterna, y quien rechaza al Hijo no verá la vida y la ira de Dios permanece sobre él.