El libro se presenta como las palabras de Nehemías, hijo de Hacalías. En el mes de Quisleu del año veinte, estando él en la ciudadela de Susa, llega Hananí, uno de sus hermanos, con algunos hombres de Judá. Nehemías les pregunta por los judíos que escaparon y por Jerusalén. Le responden que los que quedaron en la provincia están en gran mal y afrenta, que el muro de Jerusalén está derribado y que sus puertas están quemadas.
Al oírlo, Nehemías se sienta, llora y hace duelo durante varios días. Ayuna y ora delante del Dios del cielo. Su oración empieza reconociendo que el Señor es grande y temible, y que guarda su pacto y su misericordia con los que lo aman y guardan sus mandamientos. Pide que Dios oiga su oración, confiesa los pecados de los hijos de Israel y también los suyos y los de su casa: no han guardado los mandamientos, estatutos y decretos que Dios dio a Moisés.
Entonces recuerda la palabra que Dios dio a Moisés: si son infieles, los dispersará entre los pueblos, pero si se vuelven a él y guardan sus mandamientos, los reunirá aunque estén en el extremo del cielo y los llevará al lugar donde puso su nombre. Nehemías recuerda a Dios que ellos son sus siervos y su pueblo, redimido con gran poder. Pide que su oído esté atento a la oración de sus siervos que desean temer su nombre y que le dé éxito ese día, concediéndole compasión ante aquel hombre. Al final, Nehemías aclara quién es ese hombre: él era copero del rey.