Cuando se reedifica el muro y se colocan las puertas, se nombra a los porteros, cantores y levitas. Nehemías encarga el gobierno de Jerusalén a su hermano Hananí y a Hananías, jefe de la fortaleza, porque era un hombre fiel y temía a Dios más que muchos. Les ordena que no se abran las puertas de Jerusalén hasta que caliente el sol, y que los guardias cierren y atranquen las puertas mientras aún están de pie, y que se pongan guardas de entre los habitantes de Jerusalén, cada uno en su puesto y frente a su casa.
La ciudad era amplia y grande, pero la gente dentro de ella era poca y las casas no estaban edificadas. Entonces Dios pone en el corazón de Nehemías reunir a los nobles, a los gobernantes y al pueblo para registrarlos por genealogías. Halla el libro de la genealogía de los que habían subido al principio, y en él encuentra escrito el registro.
La lista es casi igual a la de Esdras 2: los que subieron con Zorobabel y Jesúa, las familias, los sacerdotes, los levitas, los cantores, los porteros y los servidores del templo. Algunos sacerdotes que no pudieron probar su genealogía son excluidos hasta que se consulte con el Urim y el Tumim. El total de la congregación es de cuarenta y dos mil trescientas sesenta personas, además de siervos y cantores. Hay pequeñas diferencias de detalle con la lista de Esdras. Algunos jefes de familia, el gobernador y el pueblo aportan ofrendas para la obra, en oro, platos y vestiduras de sacerdotes. Los sacerdotes, levitas, porteros, cantores y parte del pueblo se establecen en sus ciudades, y todo Israel en las suyas, al llegar el mes séptimo.